Die vier Türen des Prius sind mit elektrischen Fensterhebern ausgestattet.
Zusätzlich zu den Bedienschaltern an den einzelnen Türen befinden sich in der Armlehne der Fahrertür noch einmal Schalter für alle vier Fenster. Außerdem befindet sich dort eine Verriegelungstaste, welche die Betätigung der Fensterheber durch Fahrgäste sperren kann. Dies ist besonders im Falle von „spielfreudigen“ Kleinkindern wichtig.
Der Fensterheber der Fahrertür ist mit einer Automatik ausgestattet: Drückt man den Schalter kräftig durch, so öffnet sich das Fenster nach Loslassen des Schalters vollständig. Entsprechendes gilt auch für das Schließen.
Die anderen drei Fensterheber bewegen die Scheibe nur während der Betätigung des Schalters.
Die Fensterheber funktionieren nur bei eingeschaltetem Hybridsystem. Jedoch verfügt der Prius II über ein interessantes Extra: Bis 45 Sekunden nach Abschalten des Hybridsystems kann man die Fensterheber noch betätigen und somit vergessene Fenster schließen. Das Öffnen der Vordertüren unterbricht die Betriebsbereitschaft. Bei Prius I ist dies nur für das Fenster der Fahrertür möglich.
Beim Prius I kann das Fenster der Fahrertür von außen mit dem mechanischen schlussel (nicht mittels Fernbedienung) geschlossen bzw. geöffnet werden. Damit ist gleichzeitig ein Verriegeln bzw. Entriegeln des Fahrzeugs gekoppelt.
Als sicherheitsfunktion verfügt der Fensterheber der Fahrertür über einen Einklemmschutz.
Wurde die 12-Volt-Batterie abgeklemmt, so muss der Fensterheber der Fahrertür zur ordnungsgemäßen Funktion der Automatik einmalig wie folgt initialisiert werden:
Es gibt einen Bericht, dass die Beleuchtung des Fensterheberschalters blinkt (2 x kurz, eine Sekunde Pause), wenn der Fensterheber nicht ordnungsgemäß initialisiert wurde.